Ikan yang ditangkap dari danau Toba biasannya ikan Pora Pora, tapi sekarang ikan ini sudah sangat sedikit bisa di dapat dari danau toba. Beberapa dugaan kenapa semakin sedikit antara lain dicurigai adanya predator ikan perak yang memakan anak anak ikan pora pora, dan kemungkinan lain adalah tidak berimbangnya antara jumlah penangkap dengan jumlah ikan yang dihasilkan dari Danau Toba. Semakin banyak orang yang bergantung hidupnya dari ikan Danau Toba maka semakin berat beban danau untuk menghasilkan ikan dalam jumlah banyak.
Penangkapan ikan secara liar di Danau Toba ini bisa berbahaya, karena kita tidak bisa mengontrol bagaimana cara mereka menangkap ikan. Mungkin ada petani petani yang menggunakan alat alat penangkap ikan yang sebenarnya tidak diperbolehkan yang bisa menyebabkan anak anak ikan dan ikan jenis lainnya ikut mati sehingga bisa menyebabkan punahnya ikan di Danau.
Sebagai tempat pariwisata Internasional, sebenarnya harus menjadi pengawasan penuh pihak pemerintah dan penangkapan ikan secara liar di Danau harusnya dilarang. Seperti halnya Danau danau di Luar Negri seperti Austria tidak ada orang yang memancing ikan atau menjaring ikan secara sembarangan di Danau pariwisata. Bahkan airnyapun bisa sangat jernih... ini sangat menarik bagi para wisatawan.
Pemasalahan lain selain faktor alam air dan manusia, di Danau Toba ini juga masalah lokasi Danau yang terletak di Puncak Gunung sehingga biaya orperasional yang relatif mahal, juga biaya angkut makanan ikan yang relatif mahal sehingga menyebabakan harga tidak kompetitif. Paling hasil ikan dari Keramba Danau Toba hanya laku di sekitar Danau, kalau harus turun gunung bisa bisa kalah bersaing dengan harga ikan laut yang jauh lebih murah.